Теперь, когда мы знаем, откуда и куда гоняться деньги нужно указать, сколько их денег. Я понимаю, что чем больше, тем лучше, но нужно конкретно. Для этого есть атрибут сумма. Что бы указать деньги.

Сумма
Сумма выбранной проводки (корреспонденции) операции.

Синтаксис:
Сумма
Англоязычный синоним:
Sum

Значение:
Значение типа «Число».

Описание:
Атрибут Сумма служит для обращения к сумме выбранной проводки (корреспонденции) операции.
Перед обращением к атрибуту конкретной проводки эта проводка должна быть выбрана с помощью методов ВыбратьПроводки, ПолучитьПроводку или создана при помощи метода НоваяПроводка. В модулях форм «Операции» и «Журнал проводок» текущая проводка определяется положением курсора.

Вот и укажем 100 руб.

Процедура ОбработкаПроведения()
      Операция.НоваяПроводка();
      Операция.Дебет.Счет=СчетПоКоду("90.3.3");
      Операция.Кредит.Счет = СчетПоКоду("68.1"); 
      Операция.Сумма = 100;
КонецПроцедуры

В реальности сумма берется после расчета, а данная проводка отражает сумму НДС от выставленного счета, НДС обычно рассчитывается.